Débuts nantais dans un contexte difficile

Bagayoko rejoint le FC Nantes lors du mercato d’été 2004 en provenance de l’AC Ajaccio où il avait effectué une bonne saison en marquant 8 buts en 36 matchs toutes compétitions confondues. Le malien, alors âgé de 25 ans arrive sur les bords de l’Erdre dans un contexte particulier. Le club vient d’être repris par Serge Dassault et le mercato nantais est mouvementé avec de nombreux départs de figures importantes du club comme ceux de Yepes, Armand, Vahirua, Gillet ou encore Moldovan. Bagayoko se voit donc être assigné à la lourde tâche de remplacer Viorel Moldovan sur le front de l’attaque. Malgré la saison catastrophique du club qui frôle la relégation et qui signe son pire classement en ligue 1 avec une 17ème place, Bagayoko signe une bonne saison, inscrit 7 buts en 30 matchs de ligue et devient ainsi le meilleur buteur nantais. Mais le malien ne rentre pas dans les plans de Serge Le Dizet qui l’envoie en prêt à Nice lors de la saison 2005-2006. Dans le sud, Bagayoko confirme sa bonne saison au FC Nantes et signe 7 buts en 38 matchs toutes compétitions confondues. Il aide grandement le club à finir la 8ème place et dispute la finale de la coupe de la ligue, perdue 2-1 face à Nancy. Malgré les difficultés criantes du FC Nantes en attaque, Bagayoko est pour la saison 2006-2007 une nouvelle fois prêtée mais cette fois encore bien plus au sud, au club émirati d’Al-Wahda. Aux émirats, l’avant-centre impressionne et inscrit 16 buts en 31 matchs. Pendant ce temps là, le FC Nantes ne marque au total que 29 buts en ligue 1 et est relégué pour la première fois de son histoire. Bagayoko retourne à Nantes en ligue 2 et brille sous les couleurs jaunes et vertes. Avec 10 buts en 21 matchs de championnat, l’international malien permet à Nantes de retrouver la ligue 1 à l’issue de la saison. Au sein de l'élite, l’attaquant totalise 7 buts en 26 matchs mais ne parvient pas à maintenir le club dans l’élite. Pour la seconde saison consécutive, Bagayoko finit meilleur buteur du club. Sa suspension d’un mois pour avoir bousculé un arbitre lors d’un match à Monaco en janvier, fait beaucoup de mal au club qui ne gagne plus sans son attaquant malien. Ce dernier quitte le club à la fin de la saison, qui touche définitivement le fond en se faisant reléguer une seconde fois.

Retour raté à Nice

Bagayoko, lui, reste en ligue 1 et retourne à l’OGC Nice pour moins d’un million d’euros et y signe un contrat de deux ans. Déjà passé au club, le malien veut s’imposer comme cadre mais peine à retrouver le niveau qu’il avait au FC Nantes. Durant la saison 2009-2010, l’ex-nantais ne participe qu’à 23 matchs de ligue et n’inscrit qu’un seul but en ouvrant le score face à l’Olympique Lyonnais en octobre 2009 (victoire finale 4-1). Comme à Nantes, Bagayoko se fait à nouveau suspendre mais cette fois pour un mois. Lors d’un match face à Lens en décembre 2009, Tony Chapron sanctionne sévèrement le malien pour un pied haut, qui perd le contrôle et qui l’insulte. Résultat des courses, l’ex-nantais est suspendu pendant un mois et manque cinq rencontres de championnat. Sa deuxième longue suspension en un an. Lors de la saison suivante, Bagayoko ne rentre plus dans les plans de l’entraîneur Eric Roy et ne dispute que 5 matchs de ligue 1 sans marquer le moindre but. L’attaquant doit même jouer et s’entraîner avec la réserve du club. La situation ne lui convient pas et le malien perd son calme face à des supporters niçois qui le charriait lors d’un match avec la réserve en CFA 2. Une fois n’est pas coutume, Bagayoko est à nouveau suspendu, cette fois pour 3 matchs. Devant sa situation compliquée à Nice, Bagayoko tente un essai en Angleterre chez l’avant-dernier de Premier League Wolverhampton en novembre 2010, sans convaincre et doit attendre le mercato d'été pour partir. 

La Grèce puis l'Angleterre

Décevant à Nice, Bagayoko cherche à se relancer et choisit la Grèce en s’engageant lors de l’été 2011 pour un an chez le promu en première division du PAS Giannina. Mais l’international malien a du mal à s’adapter et ne dispute qu’un seul match de championnat. En manque de temps de jeu, Bagayoko part au bout de six mois et signe en Angleterre aux Doncaster Rovers en décembre 2011. Le club est pensionnaire de Championship, la seconde division anglaise, et connaît de grandes difficultés sportives. Là aussi Bagayoko peine à s’imposer et ne dispute que 5 matchs de championship mais réussit à inscrire deux buts. Le club finit dernier à l’issue de la saison et Bagayoko se retrouve libre de tout contrat.

Fin de carrière en France

A la recherche d’un nouveau club, l'ex-nantais souhaite privilégier un retour en France et tente un essai à Angers en juillet 2012. Mais Bagayoko ne parvient pas à convaincre les dirigeants du club de ligue 2. Le malien se retrouve sans club et doit patienter jusqu’en janvier 2013 pour fouler à nouveau les terrains. L’attaquant s’engage en effet librement à Luzenac, alors pensionnaire de National. Le club, classé 16ème, lutte contre la relégation et cherche à renforcer son secteur offensif. Mais Bagayoko est une nouvelle fois à la peine et n’inscrit que deux buts en 9 rencontres de championnat. Le club parvient tout de même à se maintenir et remonte à la 13ème place. L’ex-nantais décide de prendre sa retraite à 35 ans à l’issue de la saison. Depuis son départ de Nantes, rien n'a donc souri à l'international malien, qui avait tout de même cumulé 26 buts en 86 matchs sous le maillot jaune et vert.